Hiện nay Bệnh viện Phụ sản MêKông có 110 giường bệnh và 50 nôi, Khoa Khám bệnh, Khoa Cấp cứu, Khoa Sanh, Khoa Sơ sinh, Khoa Hiếm muộn và hỗ trợ sinh sản, Đơn vị sàn chậu, Khoa Xét nghiệm, Khoa Chẩn đoán hình ảnh, Khoa Gây mê hồi sức được trang bị hiện đại theo tiêu chuẩn của các nước tiên tiến. Cùng với đội ngũ các Giáo sư, Tiến sỹ, các chuyên gia đầu ngành trong lĩnh vực Sản Phụ khoa và Nhi sơ sinh, được đào tạo cơ bản ở trong và ngoài nước, Bệnh viện Phụ sản MêKông luôn phát huy thế mạnh là một cơ sở chuyên khoa đầu ngành trong lĩnh vực Sản phụ khoa.